regularizacion de doble facturacion en años sucesivos

¿como regularizar dos facturas facturadas dos veces en 2010 dentro de la contabilidad de 2011?

Hola buenas a todos,
Escribo para hacer una consulta, que no sabemos muy bien como resolver. Somos una empresa muy pequeña recién constituida (antes éramos autónomos).
En la contabilidad de la empresa de 2010 se metieron dos veces dos facturas, las dos buenas originales se presentaron en el 2º trimestre y las dos duplicadas en el 4º trimestre. Esta duplicidad ha provocado un pago de IVA más alto y un impuesto de sociedades mas alto.
Nos hemos dado cuenta al ir a cerrar la contabilidad de 2011, ya que, desde el asiento de apertura se acarrea esta doble facturación.
No tenemos una gestoría que nos lleve la contabilidad (la íbamos haciendo nosotros con unas instrucciones muy sencillas). Tenemos la duda si presentar una nueva contabilidad de 2010, con todo lo que ello supone o, hacer un asiento de regularización tras la apertura de 2011.
Ruego nos indiquéis la forma idónea para hacerlo, evitando, si es posible, la presentación de las cuentas a Hacienda del 2010, que puede dar lugar a sanción.
Gracias de antemano