COMO CONTABILIZAR LA IMPORTACION YA CARGADA

Buenas Tardes Necesito aclarar una duda que tengo en como debo contabilizar una mercancia nacionalizada, en la cual cuando esta es recibida en mis almacenes viene acompánada de los documentos de nacionalizacion, y con los cuales yo cargo la mercancia en el sistema, pero tengo un problema cuando el agente aduanal me factura los gastos y sus servicios, pues el corre con el pago de todos los gastos como Arancel, iva de importacion, aduana, nacionalizacion y sus gastos de desaduanaje..Ahora bien como debo contabilizarlos ya que cargo la compra pero no quiero contabilizar doblemente. Explico un ejemplo: A mi me llega mi factura del proveedor con la Forma C, copia del deposito de liquidacion de impuestos + Declaracion Andina de Valor + copia del BL o guia aerea yo hago el siguiente asiento:

Contabilizo

Compras de Mercancia
Credito Fiscal
Cuentas por Pagar en Moneda Extranjera
Iva de Importacion por Pagar

Mi problema se presenta en como contabilizo los gastos adicionales de nacionalizacion, ya que en el CIF contabilizo la factura del proveedor en ME USD 104059+ seguro 624, 35 + 1596,75 flete todo esto en dolares le aplico la tasa de cambio a 4.3 me da la base para calcular el Arancel y la aduana que en la liquidacion me da 457004.42 x 5 que es el arancel a pagar 22850,22 aduana y nacionalizacion montos iguales 2285.02 esto me da la base para el IVA esto todo bien, mi problema se presenta en que estos gastos de IVA + los gastos adicionales como almacenaje, flete de la aduana, manejo y costos adicionales debo cargarlos al costo? si es asi no debo contabilizarlos doblemente, porque el agente de aduana los cancela todos, pero la factura del agente con estos gastos y el cargo de sus servicios llega despues de la llegada de la mercancia, tengo dudas es como hago para contabilizarlos tomando en cuenta que los gastos de flete, manejo y costos de operacion pueden variar, pero una vez que me llega la mercancia requiero cargarla para poner a la venta y no puedo esperar 15 dias a que el agente de aduanas me facture..

Si me pueden aclarar como hago para contabilizar y no generarlos doblemente cuando se carga la factura del agente de aduanas.